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Aldana Montes, José Francisco

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Aldana Montes

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José Francisco

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Aldana Montes, Jose
Aldana-Montes, Jose F.
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Aldana-Montes, José F.

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  • Artículo
    tESA: using semantics of scientific articles to approximate semantic relatedness
    Rybinski, Maciej; Aldana Montes, José Francisco. Actas de las XXII Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos (JISBD 2017), 2017-07-19.
    Short abstract Semantic relatedness is a measure that quantifies the strength of a semantic link between two concepts. Often, it can be efficiently approximated with methods that operate on words, which represent these concepts. Approximating semantic relatedness between texts is an important part of many text and knowledge processing tasks of crucial importance in the ever growing domain of biomedical informatics. In this paper we present tESA, an extension to a well known Explicit Semantic Relatedness (ESA) method, which leverages the semantics of a corpus of scientific documents to improve the quality of the relatedness approximation for biomedical domain. In our extension we use two separate sets of vectors, corresponding to different sections of the articles from the underlying corpus of documents, as opposed to the original method, which only uses a single vector space. Our findings suggest that extending the original ESA methodology with the use of title vectors of the documents of scientific corpora may be used to enhance the performance of a distributional semantic relatedness measures. Background Semantic relatedness is a measure that quantifies the strength of a semantic link between two concepts. Often, it can be efficiently approximated with methods that operate on words, which represent these concepts. Approximating semantic relatedness between texts and concepts represented by these texts is an important part of many text and knowledge processing tasks of crucial importance in the ever growing domain of biomedical informatics. The problem of most state-of-the-art methods for calculating semantic relatedness is their dependence on highly specialized, structured knowledge resources, which makes these methods poorly adaptable for many usage scenarios. On the other hand, the domain knowledge in the Life Sciences has become more and more accessible, but mostly in its unstructured form - as texts in large document collections, which makes its use more challenging for automated processing. In this paper we present tESA, an extension to a well known Explicit Semantic Relatedness (ESA) method. Results In our extension we use two separate sets of vectors, corresponding to different sections of the articles from the underlying corpus of documents, as opposed to the original method, which only uses a single vector space. We present an evaluation of Life Sciences domain-focused applicability of both tESA and domain-adapted Explicit Semantic Analysis. The methods are tested against a set of standard benchmarks established for the evaluation of biomedical semantic relatedness quality. Our experiments show that the propsed method achieves results comparable with or superior to the current state-of-the-art methods. Additionally, a comparative discussion of the results obtained with tESA and ESA is presented, together with a study of the adaptability of the methods to different corpora and their performance with different input parameters. Conclusions Our findings suggest that combined use of the semantics from different sections (i.e. extending the original ESA methodology with the use of title vectors) of the documents of scientific corpora may be used to enhance the performance of a distributional semantic relatedness measures, which can be observed in the largest reference datasets. We also present the impact of the proposed extension on the size of distributional representations. Publication details The original paper tESA: a distributional measure for calculating semantic relatedness (DOI: 10.1186/s13326-016-0109-6), authored by Maciej Rybinski and José Francisco Aldana-Montes, was published online in the Journal of Biomedical Semantics on 28th of December 2016. The Journal of Biomedical Semantics currently holds (according to the latest JCR for 2015) an impact factor of 1.62, with a five-year impact factor of 2.511. The main impact factor places the Journal in the second cuartile (Q2) of its JCR-SCI category MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY. Acknowledgments Work presented here was partially supported by grants TIN2014-58304-R (Ministerio de Ciencia e Innovación), P11-TIC-7529 and P12-TIC-1519 (Plan Andaluz de Investigación, Desarrollo e Innovación) and EU FP7-KBBE-289126 (the EU 7th Framework Programme, BIOLEDGE).
  • Artículo
    Análisis de los datos del acelerómetro para detección de actividades
    Hurtado, Sandro; Barba-González, Cristóbal; Rybinski, Maciej; Baron-Lopez, Francisco J; Warnberg, Julia; Navas Delgado, Ismael; Aldana Montes, José Francisco. Actas de las XXIII Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos (JISBD 2018), 2018-09-17.
    Las enfermedades cardiovasculares son la principal causa de muerte en España, siendo necesaria la prevención de factores de riesgos como la obesidad o los altos niveles de colesterol. La actividad física previene estos problemas, y su seguimiento usando pulseras de actividad permite tomar decisiones para su corrección. En este trabajo se presenta un experimento para evaluar la viabilidad de detección automática de ciertas actividades a través de algoritmos supervisados de Deep Learning
  • Artículo
    Enriquecimiento Automático de Ontologías Biomédicas mediante el uso de Mappings
    García Godoy, María Jesús; López-Camacho, Esteban; Roldan-Garcia, Maria Del Mar; Aldana Montes, José Francisco. Actas de las XXIII Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos (JISBD 2018), 2018-09-17.
    Dione es una representación en OWL del ICD-10-CM, consistente lógicamente, cuyos axiomas definen las inclusiones y exclusiones del ICD-10-CM mediante una metodología basada en los mappings ICD-10-CM/SNOMED-CT, proporcionados por UMLS y BioPortal, y que han sido validados por una comunidad de expertos en el ámbito biomédico. En este artículo se presenta una metodología automática que permite la población con axiomas en Dione a partir de los mappings establecidos entre ICD-10-CM y otra ontología biomédica que hayan sido proporcionados por BioPortal. Para mostrar el funcionamiento de esta metodología, se han utilizado los mappings entre Dione y ORDO. Esta última es una ontología que incluye el conjunto de enfermedades raras, genes y otras características para la población de nuevos axiomas en Dione. Una vez que estos axiomas se incluyeron en Dione, se comprobó su consistencia utilizando el razonador ELK y se mostró con un caso de uso que las clases equivalentes entre las ontologías DIONE-ORDO permitían la inferencia de axiomas que definen una clase ICD-10-CM en DIONE a una clase que representa una enfermedad rara en ORDO y, viceversa. Esta nueva metodología se puede aplicar a dos ontologías biomédicas cualquiera cuyos mappings estén previamente definidos en BioPortal.
  • Artículo
    Un Repositorio RDF para la Integración y Consulta de Datos de Pacientes Hepáticos
    Roldan-Garcia, Maria Del Mar; Aldana Montes, José Francisco. Actas de las XXIII Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos (JISBD 2018), 2018-09-17.
    Los casos médicos pasados, y por lo tanto, la experiencia clínica, son recursos de valor incalculable para apoyar la práctica clínica, la investigación y la formación. Los profesionales médicos deben poder intercambiar información sobre casos médicos de pacientes y explorarlos desde distintas perspectivas subjetivas. Esto requiere de una metodología sistemática y flexible para la representación de los casos médicos que soporte el intercambio de información procesable del paciente. En este artículo presentamos un enfoque basado en ontologías para modelar casos médicos de pacientes que utiliza pacientes con enfermedades hepáticas como ejemplo. Para este fin, se propone una nueva ontología, LiCO, que utiliza estándares médicos bien conocidos para representar casos de pacientes con enfermedades hepáticas. La utilidad del enfoque propuesto se demuestra con consultas semánticas y razonamiento utilizando datos recopilados de pacientes reales. Los resultados preliminares son prometedores con respecto al potencial de la representación de casos médicos basada en ontologías para la construcción de sistemas de búsqueda y recuperación de información de casos médicos, allanando el camino hacia una plataforma de intercambio de experiencias clínicas para comparar diagnósticos, para investigación y para formación.
  • Artículo
    Un Repositorio RDF para la Integración de Flujos de Datos de Analítica Web y Comercio Electrónico
    Roldan-Garcia, Maria Del Mar; García-Nieto, José Manuel; Aldana Montes, José Francisco. Actas de las XXI Jornadas de Ingeniería del Software y Bases de Datos (JISBD 2016), 2016-09-13.
    La Analítica Web supone hoy en día una tarea ineludible para las empresas de comercio electrónico, ya que les permite analizar el comportamiento de sus clientes. El proyecto Europeo SME-Ecompass tiene como objetivo desarrollar herramientas avanzadas de análitica web accesibles para las PYMES. Con esta motivación, proponemos servicio de integración de datos basado en ontologías para recopilar, integrar y almacenar información de traza web procedente de distintas fuentes. Estas se consolidan en un Repositorio RDF diseñado para proporcionar semántica común a los datos de análisis y dar servicio homogéneo a algoritmos de Minería de Datos. El servicio propuesto se ha validado mediante traza digital real (Google Analitics y Piwik) de 15 tiendas virtuales de diferentes sectores y países europeos (UK, España, Grecia y Alemania) durante varios meses de actividad.